اما به‌طور کل غیرمسلم نمی‌تواند نمایندگی مسلمان‌ها را در شوراها داشته باشد.  اواخر شهریور سال‌جاری شعبه ۴۵ دیوان عدالت اداری براساس نظر شورای نگهبان و در رسیدگی به شکایت وارده، رای به توقف فعالیت سپنتا نیکنام، عضو زرتشتی شورای شهر یزد داد. پس از آن جمعی از نمایندگان مجلس و در کنار آنها علی لاریجانی رئیس مجلس برای پایان دادن به این ماجرا وارد عمل شدند و به حکم صادره از سوی دیوان عدالت اداری اعتراض کردند. با این حال، هفته گذشته آیت‌الله محمد یزدی عضو فقهای شورای نگهبان در گفت‌وگو با خبرگزاری تسنیم به صراحت اعلام کرد که «این تصمیم یک تصمیم قانونی، شرعی، قطعی و غیرقابل برگشت است و هیچ‌کس این قانون را نمی‌تواند برگرداند.»

در همین راستا روز پنج‌شنبه آیت‌الله مدرسی یزدی در گفت‌وگو با شبکه دو سیما اظهار کرد: در مورد عضویت نمایندگان اقلیت‌ها در مجلس شورای اسلامی و مقایسه آن با شوراهای شهر و روستا در این باره تفاوت‌هایی وجود دارد. عضویت نمایندگان اقلیت‌های دینی در مجلس شورای اسلامی به این خاطر است که مصالح اقلیت‌ها رعایت شود و خود آنها برای این موضوع نسبت به خودشان آگاه‌ترند و مصالح‌شان تا حدی که قانون اساسی و شرع اجازه می‌دهد در مجلس مطرح شود. اما در مورد شورای شهر کار به این‌گونه است که پای مصالح مسلمانان و نه مصالح اقلیت‌ها در میان است دلیلی ندارد اقلیت نمایندگی مسلمانان را کند.  با این حال این ماجرا با انتقاد بسیاری از چهره‌های سیاسی خصوصا اصولگرایان روبه‌رو شده است.

همچنان‌که عزت‌الله ضرغامی، رئیس سابق سازمان صدا و سیما با انتشار تصویری از سپنتا نیکنام در مورد لغو عضویت وی از شورای شهر یزد در اینستاگرام خود نوشت: ضرورت احترام به افکار عمومی به‌ویژه مردم متعهد یزد (مسلمان و زرتشتی) که براساس نظامات قانونی و اعلامی قبلی به آقای سپنتا رای داده‌اند، بهترین دلیل در تایید عضویت آقای نیکنام در شورای شهر یزد است.  به گزارش الف، او در بخش دیگری از مطلب خود نوشت: جامعه را به سمت دوقطبی‌های کاذب سوق ندهیم و برای بوق‌های تبلیغاتی جهانی سوژه و لقمه آماده فراهم نکنیم.    مصطفی میرسلیم عضو مجمع تشخیص مصلحت نظام نیز معتقد است که موضوع سپنتا نیکنام می‌تواند در این مجمع حل شود.  در همین حال به گزارش «ایلنا»، علیرضا رحیمی، عضوکمیسیون امنیت ملی مجلس درکانال تلگرامی خود نوشت: با ورود سران قوا به موضوع امید به حل آن بیشتر شده است و دکتر لاریجانی در این خصوص پیشقدم شده‌اند.