فقدان رویکرد تخصصی
۱) با توجه به اهداف اولیه کسب‌وکار الکترونیکی برای جذب مشتریان از بازارهای سنتی به سمت بازار الکترونیکی و ترغیب و تشویق آنها، معمولا عرضه کالا و خدمات با حاشیه سود پایین صورت پذیرفته که با توجه به هزینه‌های اولیه راه‌اندازی این نوع کسب‌وکارها و بازاریابی، چنین شرکت‌هایی در سال‌های اولیه فعالیت خود، با زیان قابل‌ملاحظه‌ای مواجه می‌شوند که این مطلب موجب شده است تا اداره‌های امور مالیاتی، به بهانه‌های مختلف، برای دریافت مالیات، دفاتر قانونی شرکت‌ها را بی‌اعتبار قلمداد کند.
۲) اداره امور مالیاتی، با توجه به جدید بودن فعالیت‌های کسب‌وکارهای الکترونیکی در ایران، آشنایی کاملی با این مدل کسب‌وکارها ندارد و به دلیل حجم زیاد فعالیت‌های آنها (تعدد معاملات با ارقام کوچک)، قادر به صرف زمان کافی برای رسیدگی به حساب‌های این‌گونه شرکت‌ها نیست. این امر موجب شده است تا در تشخیص درآمد مشمول مالیات، اقدام به صدور برگ تشخیص‌های نامتعارف و ناعادلانه کند. در حال حاضر، قسمتی خاص برای رسیدگی به دفاتر این شرکت‌ها ایجاد شده (مؤدیان متوسط)، اما کماکان نوع نگاه حسابرسان مالیاتی تغییری نکرده است.
۳) شرکت‌های فعال در این نوع کسب‌وکار، برای جذب عرضه‌کنندگان خدمات و کالا و کاربران خریدار و همچنین بازاریابی، متحمل هزینه‌ها و تخفیفاتی می‌شوند که به دلیل عدم‌اشاره مستقیم به آنها در قانون مالیات‌های مستقیم، این‌گونه هزینه‌ها معمولا از نظر مالیاتی غیر‌قابل قبول قلمداد می‌شوند؛ هر چند مطابق بند «۸» ماده «۱۴۸» قانون مالیات‌های مستقیم و آیین‌نامه مربوطه، به‌طور صریح، عنوان هزینه‌های تبلیغات و بازاریابی ذکر شده و مورد پذیرش قانون‌گذار است.
۴) نبود زیرساخت‌های لازم در سیستم نظام جامع مالیاتی برای تهیه گزارش‌های موردنیاز از شرکت‌های فعال در زمینه کسب‌وکار الکترونیکی، موجب اعمال سلیقه مختلف در ادارات امور مالیاتی در مورد شرکت‌های فعال در این زمینه شده است.
پیشنهاد می‌شود با توجه به افزایش تعداد کسب‌وکارهای آنلاین، در سازمان امور مالیاتی، بخشی به صورت تخصصی برای سیاستگذاری، برنامه‌ریزی و محاسبات مربوط به حساب‌های شرکت‌های آنلاین به وجود آید تا در ادامه ممیزان مالیاتی با نگاهی دقیق و منصفانه با کسب‌وکارهای نوآور برخورد کنند.
